昆蟲為世界上最重要之生物類群之一，在各個陸域生態系佔有重要地位，並與生態系穩定以及人類生存息息相關。近年來，由於社會、農業以及自然環境的快速變遷，更加凸顯昆蟲研究的重要性，例如作物蟲害及人畜蟲害問題受氣候變遷影響加劇，許多疾病在昆蟲的媒介下更是增加其控制的困難程度，必須仰賴昆蟲學相關知識來研擬對策；各種環境污染與破壞造成的負面影響，已經讓世界對於永續發展以及環境保護、物種保育相當重視，許多昆蟲類群順勢成為協助永續發展以環境保育的重要生物。藉由巨觀的角度了解昆蟲的生態、演化學以及在環境中的各種交互作用，及微觀的角度切入昆蟲生理、生化、分子生物學等特性，本系（所）將致力於產生有前瞻性的基礎科學知識以及有應用價值的研究成果。
本系(所)發展重點包括：
- 農業、畜牧與衛生害蟲相關之研究
- 昆蟲資源利用
- 昆蟲分子生物學機制探討
- 昆蟲相關生物技術開發
- 昆蟲生態演化相關研究
- 環境污染及生態保育研究