國立台灣大學前身為日據時期之台北帝國大學，於1928年 3月17日設立，初設理農學部及文政學部，當時理農學部農學科中有昆蟲及養蠶講座素木得一教授。由於素木教授尚兼中央研究所應用動物科（即光復後之農業試驗所之應用動物系）科長，學術聲譽崇高，現今台大昆蟲館之規模乃依其意願建造，並於1936年6月13日落成。
台灣光復後，本系於1947年設立，初名為國立台灣大學農業生物學系（分設昆蟲學組及植物病理學組）。並於1949年更名為植物病蟲害學系（所），1967年獲准成立博士班。是故本系所在本校農學院中為成立最早者，更是全國成立最早之相關科系及研究所。由於歷史悠久，教學及研究設備齊全，兩組各有獨立之教學及研究領域，因此於1998年8月1日獲准兩組分系為昆蟲學系及植物病理學系。
本系以動物界節肢動物門之昆蟲綱為研究對象。自台灣光復至98學年度止，從昆蟲組畢業的學士有929人，碩士363人，博士120人，共計畢業人數為1412 人。系上師生關係融洽，老師對於學生非常地照顧。由於各班人數少，同學之間的感情也較濃厚。昆蟲系之研究領域十分廣泛，舉凡生命科學之領域均有涉獵，更是在農業發展中不可或缺的一環。由於全體師生的認真學習及努力研究，加上生物技術及分子生物學的應用，因而充實昆蟲學的內容，相信本系未來的發展遠景將大有可為。